Estonian Air on vahvistamassa asemiaan kotimarkkinoillaan ja aloittaa maaliskuussa 2012 lennot Tallinnan ja Helsingin välillä sekä Tallinnan ja Riian välillä. Yhtiö lisää vuoroja myös Tukholmaan, Pietariin ja Vilnaan.
Yhtiö lentää Helsingin ja Tallinnan väliä 26. päivä maaliskuuta alkaen Saab 340 -potkuriturbiinikoneella kolme kertaa päivässä arkipäivisin, lauantaisin kerran päivässä ja sunnuntaisin kaksi kertaa päivässä. Yhteensä lentoja on 18 viikossa.
Tallinnan ja Riian välinen reitti avataan maaliskuun 25. päivä 2012 ja sitä lennetään 17 kertaa viikossa. Samana päivänä Estonian Air lisää vuoronsa Tukholmaan 30:een viikoittaiseen lentoon.
Tallinna-Pietari väliä lennetään maaliskuun lopusta alkaen 12 kertaa viikossa ja Vilnan-reittiä 17 kertaa viikossa.
